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根据上述职责，市科委设13个内设机构。
(一)办公室。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、安全、保密、政府信息公开、电子政务、机关财务和资产管理等工作；承担重要事项的组织和督查工作。
(二)政策法规与体制改革处。
负责机关推进依法行政综合工作；起草科技方面的地方性法规草案、政府规章草案；
负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；
会同有关方面推进科技创新体系建设和科技体制改革，拟订促进产学研结合和促进科技领域知识产权创造的政策措施；
按规定承担相关科研机构的组建和调整的审核；
负责北京地区科技研究开发机构认定和科技类民办非企业单位的业务审核。
(三)发展计划处。
研究提出本市科技发展的布局和优先发展领域，组织拟订科技发展中长期规划和年度计划；
提出科技计划的协调、综合平衡和经费配置的建议；会同有关方面提出重大创新基地建设规划建议；
拟订科技成果和科技项目管理的政策措施；
负责本市科技奖励组织实施和科技统计、科技信息和科技期刊管理；
会同有关方面组织技术出口和技术引进。
(四)重大专项办公室。
会同有关方面拟订本市科技重大专项实施办法，审核实施计划，协调解决重大问题，组织评估和验收；
承担对接国家科技重大专项的相关协调工作；负责重大科技需求调研；
承担科技北京建设和科教方面的相关工作。
(五)条件财务处。
提出本市科研条件保障的规划和政策建议，推进科研条件平台建设和科技资源共享；
会同有关方面提出科技资源合理配置的政策建议；
参与开展科技金融促进工作；
编制本部门预算中的科技经费预决算，并监督预算的执行；
参与拟订科技经费管理办法；
监督、指导所属单位财务和国有资产管理工作。
(六)高新技术产业化处。
拟订本市相关领域高新技术发展及产业化的科技规划和政策；组织实施相关领域高新技术研究发展计划和政策引导类科技计划；承担中关村国家自主创新示范区建设相关工作；推动科技创新创业服务体系建设；推动科技成果转化及企业技术创新能力提升；促进科技服务业和文化创意产业发展；负责高新技术产业孵化基地认定和高新技术企业、自主创新产品认定；指导技术市场管理工作。
(七)先进制造与自动化处。
拟订本市先进制造技术领域、信息技术领域、新材料领域及空间技术领域科技发展的规划和政策；
组织和实施相关领域高技术研究发展计划；负责组织推进重点实验室(基地)的建设；
促进相关领域科技服务业的发展。
(八)生物医药处。
拟订本市生物工程、新医药产业、医疗卫生及食品安全领域科技发展的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划；制定实验动物管理的政策措施；
负责实验动物安全监管工作；负责组织推进相关领域重点实验室(基地)建设；促进相关领域科技服务业的发展；承担生物工程和新医药产业方面的有关科技工作。
(九)农村科技发展处。
拟订本市科技促进农村发展的规划和政策；组织实施相关领域高技术研究发展计划；负责组织推进相关领域重点实验室(基地)建设；促进相关领域科技服务业的发展；推动农村科技进步；指导相关重大科技成果应用示范；指导农业科技园区的有关工作。
(十)社会发展处。
拟订本市社会发展领域科技发展的规划和政策；组织实施高技术研究发展计划；负责组织推进相关领域重点实验室(基地)建设；促进科技服务业的发展；推动新能源和节能环保产业的发展；推进科技对城市建设与管理的支持；指导可持续发展实验区的建设和发展。
(十一)科技宣传与软科学处(北京市人民政府专家顾问团办公室)。
负责本市科普工作，拟订科普工作的规划和政策；负责科技宣传、新闻发布工作；负责软科学研究工作；承担市政府专家顾问团的有关工作；承担综合性文稿起草和地方志、年鉴编纂工作。
(十二)国际科技合作处。
组织拟订本市国际科技合作交流政策；组织实施国际科技合作交流计划；按规定负责在京举办双边国际性科技学术会议、出国举办科技展览会和邀请外国人员来华进行科技活动的有关工作；承办与港澳台的科技合作交流事宜；负责机关及所属单位的外事工作。
(十三)人事教育处。
负责机关及所属单位的人事、机构编制和离退休工作；会同有关方面拟订本市科技人才队伍建设的政策措施；负责自然科学研究系列专业技术职务任职资格评定工作；组织实施科技新星计划。
机关党委 负责机关及所属单位的党群工作。
工会 负责机关及所属单位的工会工作。
纪检、监察机构
按有关规定派驻。
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